Le parcours de visite met en valeur les collections du musée autour de la vie quotidienne des artistes académiques au XIXe siècle (formation, carrière, commandes) et des conditions de réalisation et de diffusion de leurs œuvres. Cette présentation du fonds est complétée par l’organisation d’expositions thématiques ou monographiques de photographies dans la salle d’exposition du Cyel.

Le musée de La Roche-sur-Yon conserve la plus grande collection publique d’œuvres du peintre yonnais Paul Baudry (1826-1886) avec 545 pièces, tous médiums confondus – planches originales, affiches, objets manufacturés, livres et périodiques. Le parcours du musée retrace l’itinéraire d’un artiste au XIXe siècle, de ses premiers cours dans l’école de dessin municipale de La Roche-sur-Yon jusqu’à la diffusion de ses œuvres de maturité.

Le musée de La Roche-sur-Yon offre également une place importante aux œuvres de l’artiste Benjamin Rabier.